2001年秋天，高雄醫學大學「性別研究所」成立了。這是繼2000年國立高雄師範大學「性別教育研究所」之後，在南台灣成立的另一個性別研究所。

我們飲水思源必須回溯到早年篳路藍縷草創時代。1992年，在謝臥龍、王秀紅二位教授的積極奔走下，本校成立了濁水溪以南第一個「兩性研究中心」，為日後成立性別研究所奠下根基。謝臥龍教授精心籌畫，廣泛購買性別平等教育相關書籍，使得這個中心具有良好的性別研究資源。同時，謝教授也積極奔走，建立人際網絡，不僅滴水穿石地將女性主義與性別意識滲透進南台灣的校園和社區，也培養了眾多推動性別平等教育的種籽教師。

2000年春初，高師大力邀謝臥龍老師到該校成立「性別教育研究所」。當時的護理學院院長，也是當初「兩性研究中心」的發起人之一的王秀紅教授，於是義無反顧的接手，繼續籌備「性別研究所」。到了2000年底，獲得教育部批准。2001年性別研究所成立，正式對外招生。

性別研究所成立初期，只有王秀紅與成令方兩位專任教授，因而情商吳嘉苓、唐文慧、夏曉鵑、蕭蘋、楊芳枝等多位知名女性主義學者擔任兼任教師，為本所開設多門性別課程。過去曾在本所任教的教師都與本所維持友好關係，也持續支援教學與指導學生。

2002年秋，更商請國立清華大學歷史系傅大為教授借調到本所擔任專任教授 2 年。傅教授在性別與醫療上的專業及其多年的教學與研究經驗，不僅是本所重要的學術資產，也和成令方教授為本所立下諸多典章制度。

2003年以來，性別所相繼增聘了王秀雲、陳美華及林津如 3 位專任助理教授，師資陣容更為堅強。

2009年起本所除了成令方、王秀雲和林津如 3 位專任教師之外，護理學系洪志秀教授兼任所長，並合聘醫學系顏正芳教授、詹德富副教授、蕭璧容助理教授 3 位醫師，以及醫學社會學與社會工作學系邱大昕助理教授和護理學系石明人助理教授 （2009年8月起成為本所專任教師），師資陣容更加豐富。

2010年本所專任教師有成令方、林津如、石明人外，亦新聘楊幸真副教授（原任教樹德科技大學人類性學研究所）。

目前本所專任教師共5位，皆為性別研究專長領域教師，分別是李淑君教授兼所長、林津如教授、楊幸真教授、胡郁盈副教授及余貞誼副教授。

本所每學年招生12名，截至2023年1月已培育141名畢業生，分別服務於國內學術或非營利等機構。